Tout commence aux abord des laboratoires de la Shinra, où Zack s'est échappé avec Cloud, qui est en piteux état à cause des expérience que le scientifique Hojo à mené sur lui. Les deux compagnons sont poursuivis par les soldat Shinra, mais Zack, qui était un soldat 1ere classe, est assez fort pour tous les terracer, tout en assurant la protection de son ami.Tseng est le Turks commandant des soldat chargé de récupéré les deux évadés. Alors qu'il dirige ses troupes pour les arrêter, il relie et commente le dossier de l'incident de Nibelheim...

+ L'incendie de Nibelheim

Séphiroth, devenu complêtement fou, a brûlé le village et tué ses villageois. Puis il s'est rendu au Mont Nibel où se trouve le réacteur à Mako, pour y retrouver "Mère". Son premier opposant est Tifa, dont il a tué le père. Il s'en débarrasse dans difficulté et la fait tomber du haut de l'escalier du réacteur, inconciente. Elle est réveillée par Zack, venu également pour arrêter Séphiroth et également comprendre pourquoi se changement radical de comportement de la part de son ami. Après avoir constaté l'état de Tifa et n'en être que plus enragé, Zack entre dans la salle où est concervée Jenova , là où se trouve également Séphiroth. Zack l'interompe dans sa contemplation et met se soldat fort mais toujours inférieur à lui hors de combat, avant de retourner à son admirassions.

Soudain, la vitre du bloque contenant Jenova se fend, transpersant également Séphiroth. C'est l'oeuvre d'un simple soldat, un ami de Zack qui était toujours resté dans l'ombre : Cloud, avec l'épée de Zack qu'il avait récupéré. Aillant gravement blessé Séphiroth et le croyant hors de comba, il retourne auprès de Tifa, en bas de l'escalier. Tifa reprend connaissance et est heureuse de le voir : avant de s'engager dans le soldat, Cloud et elle s'étaient fait une promesse, celle de toujours être là lorsque l'autre aurait besoin d'aide. Cloud avait tenue cette promesse. Mais ces heureuses retrouvailles furent gaché par un bruit venant de la pièce où se trouvait Jenova : Séphiroth avait coupé la tête de "Mère" et la portait à bout de bras, en haut de l'escalier.

Cloud se lance à l'assaut avec l'épée de Zack, mais Séphiroth contre l'attaque avec sa Masamune et le transperce, le soulevant au dessus de l'escalier, avant de le balancer au bord de l'immense cuve à Mako. Il le plante à nouveau avec sa masamune et le suspend au dessus de la cuve. Mais Cloud, déterminer, s'enfonce l'épée un peu plus dans le corps pour revenir au bord, et arrive a claquer Séphiroth contre le mur d'en face. Ce dernier, serrant la tête de "Mère", Jenova , dans ses bras, se Jeta dans le grouffre à Mako. Quand à Cloud, il perdit connaissance, son sorps toujours transpercé de la masamune de Séphiroth.

C'est à ce moment là que Cloud et Zack se sont fait arrêté par la Shinra et conduire au Laboratoire de Hojo, le scientifique le plus fou de tous les temps. Il y sont resté pendant 5 ans durant lesquels Hojo à tenté de faire de Cloud un clone de Séphiroth. Mais Zack, qui à réussi à s'échappé, à réussi à sauver à temps Cloud qui était sur le point de mourir, et était complêtement abrutis et affaibli.

+ Une fin tragique

Ainsi Zack et Cloud se rendaient à Midgar après avoir échapper à la Shinra, à bord d'un camionette. Mais les Turks sont toujours sur leurs traces, et Zack, qui parlait insouciemment de son avenir à Cloud n'est pa resté sur ses garde. Quand il aperçut l'hélicoptaire Turks qui visait Cloud pour le tuer, Zack se précipite sur Cloud pour le protégé. On ne voit plus rien, mais on entend "Cloud, cour !", puis un coup de feu, et c'est la fin... 

La suite vous la connaissez, Zack est mort et Cloud, qui avait été épargné étant donné son état qui laissait penser qu'il ne survivrait pas, revient à lui et est victime d'un horrible trouble de la personnalité ainsi qu'une confusion totale au point de vue de ses souvenir. Il se retrouve aux portes de Midgar, et c'est alors que Final Fantasy VII commence...