Le monde enchanteur de Spira vit sous la menace constante de Sin, une entité maléfique qui dévaste tout sur son passage et n’inspire qu’effroi aux populations sans défense.

 Tidus, jeune star de blitzball de l’équipe de Zanarkand, voit son match interrompu car la ville était en train d’être détruite. Dans la ville en panique, il y rencontre Auron, un ami de son père disparut depuis dix ans, qui était une véritable légende du blitzball.

Auron lui présente alors Sin, et l’oblige à se faire aspirer par le monstre, car il juge Tidus prêt à affronter son destin.

 Tidus arrive dans un monde étrange, il ne sait pas où il est et après quelques périples, il s’échoue sur une plage, sur l’île de Besaid. Il y fait la rencontre de Wakka, un joueur de blitzball, puis Lulu, Kimarhi, et enfin Yuna l’invocateur, qui est parvenu à acquérir se première chimère, ce qui annonce le début de son pèlerinage dans Spira pour vaincre Sin.

 De toutes les personnes qu’il a rencontrées, seule Yuna croit en l’histoire de Tidus, qui lui dit qu’il vient de Zanarkand. Personne n’y croit car cette ville est détruite depuis mille ans. Ils découvrent qu’ils ont un point commun : tous deux ont des parent célèbres, car Yuna est la fille d’un grand invocateur et Tidus le fils d’une vedette de blitzball. Mieux encore ; leurs pères se connaissent. Yuna connaît Jecht (le père de Tidus) et Auron, son ami, tous deux gardiens du grand invocateur Braska (le père de Yuna).

 C’est ainsi que Tidus décide d’accompagner Yuna dans son pèlerinage et de devenir à son tour son gardien, afin de retrouver les traces de son père mais aussi un moyen de rentrer chez lui.

 Au début du voyage, ils vont retrouver Auron, qui va annoncer à Tidus deux vérités qu’il a du mal à accepter : Sin est Jecht, et Tidus ne peux plus rentrer chez lui. Sin a demandé à Auron de ramener Tidus, pour qu’il le détruise.

 Ainsi commence le long pélerinage dans Spira, où Tidus, Yuna et les autres gardiens font de nombreuses rencontres, des bonnes comme Rikku, des mauvaises comme Seymour, et découvrent ce qui ce cache véritablement sous cette malédiction qu’est Sin, qu’ils doivent détruire afin d’obtenir la félicité, période de plusieurs années avant que Sin ne réapparaisse.